Előfordul, hogy a csecsemőmirigy csökkent működése veleszületett jelenség. A későbbi károsodást elsősorban sugárártalom okozza. A csecsemőmirigy rendellenes működésének következménye az, hogy zavart lesz a T sejt immunitása. Ez azt eredményezi, hogy a fertőző betegségek iránti hajlam megnő, ugyanakkor az immunrendszer a testazonos anyagokat is elpusztítja (autoimmun megbetegedés). E megbetegedésekhez tartozik több pajzsmirigybetegség, a súlyos izomgyengeség, sőt a rosszindulatú daganatra való hajlam is megnő.
A csecsemőmirigy zavarok tünetei attól függnek, hogy az immunrendszer zavaráról, daganatról vagy autoimmun betegségről van szó. A legjellemzőbbek: hajlam a fertőzésekre, az izmok fokozott fáradékonysága, légzési nehézségek és fáradt szemhéjak.
A működés zavarait bonyolult laboratóriumi vizsgálat képes kimutatni. Ez igazolja a T sejtrendszer teljes hiányát, vagy elégtelen működését ill. kimutatható az AIDS betegségben a T segítősejtek számának jelentős csökkenése. Az autoimmun betegségekben általában a csecsemőmirigy megnagyobbodik, s ez röntgen- vagy ultrahangvizsgálattal kimutatható. Ilyen esetekben a mirigy eltávolítása teljes gyógyuláshoz, de legalábbis javuláshoz vezethet. Rosszindulatú daganat csak ritkán fordul elő.
A kezelés része, de nem egyetlen megoldása lehet a csecsemőmirigy eltávolítása. A különböző gyógyszerek bizonyos esetekben hatásosak, de nem mindig eredményesek. Súlyosabb esetben a beteget steril környezetbe kell helyezni, mert minden fertőzéstől óvni kell.