A petefészekciszták többsége jóindulatú (azaz nem rákos), és sok esetben maguktól, kezelés nélkül elmúlnak
Néha azonban egy-egy ciszta igen nagyra megnőhet, s ilyenkor műtéttel kell eltávolítani.
A petefészekcisztáknak nincs jellegzetes saját tünete, de kihatással lehetnek a menstruációra.
Fájdalmas, erős vérzést okozhatnak, esetleg a menstruáció teljes elmaradását. A nagy ciszták fájdalmassá tehetik a közösülést, vagy hasi fájdalmat okozhatnak. A petefészekcisztákkal összefüggésben néha endometriózis alakul ki. Ilyenkor a cisztákat barna folyadék tölti ki ("csokoládéciszták").