Az ezután következő időben, 3-4 hétig kialakul a jellegzetes köhögés: szapora, szaggatott, erőltetett köhögés, kivörösödés, légszomj, majd hangos, szamárordításra emlékeztető hanggal kísért belégzés. A roham kimerültséget okoz, gyakori a roham végi nyálkaürítés, hányás. Többnyire nincs láz, de naponta akár 15-20 roham is elképzelhető. Ezen időszakban a betegség kevésbé ragályos. Az utolsó, 2-3 hétig tartó szakaszban a rohamok száma és súlyossága csökken. A váladék könnyebben felköhöghető, az éjszakai rohamok ritkává válnak.
A legtöbb gyermekkori fertőzéssel ellentétben a betegség a csecsemőket is megtámadhatja, akiknél a tünetek tüsszentési rohamok lehetnek, rosszabb esetben légzésszünettel, köhögés nélkül. Csecsemőkre kifejezetten veszélyes betegség, elsősorban a szövődmények miatt, ezért feltétlenül orvoshoz kell fordulni, különben akár halálos következményei is lehetnek. A roham végén a csecsemőknél is jelentkezik a hányás, ami ismétlődések esetén jelentős folyadékveszteséget jelent, amit sürgősen pótolni kell, mert csak így kerülhető el a kiszáradás.
A korai időszakban való erős fertőző hatás miatt csecsemőt nem szabad a beteg közelébe engedni. Ha mégis megtörtént, mert a betegséget időben nem ismerték fel az orvos megelőzésként antibiotikum szedését rendelheti el. A védőoltás kötelező.
Mivel a szamárköhögés 6-10 hétig is eltart, fontos a türelmes ápolás. A roham után a gyermek sokszor vigasztalásra szorul. A rohamok gyengülése után a különleges figyelmet csökkenteni érdemes, nehogy a köhögés az érzelmi zsarolás eszközévé váljon. A betegség alatt – a lázas időszak kivételével – ágynyugalom nem feltétlenül szükséges,inkább páradús levegőjű, kb. 21 fok hőmérsékletű szobában kell tartani a gyermeket. Célszerű a gyakori szellőztetés. A gyakori hányás miatt inkább kisebb adagokban, többször étkeztessük. Bőséges folyadékbevitel szükséges, ami a hörgőnyálkát oldja.
Aki már átesett szamárköhögésen, egy életre védett lesz a kórokozóval szemben. A védőoltás általánosan ajánlott, de számítani kell esetlegesen görcsökre, lázra, nyirokcsomó duzzanatra. Magyarországon a Di-Per-Te védőoltás kötelező. Csak epilepszia vagy lázas hajlam esetében nem ajánlott a védőoltás beadása.