Táplálékallergia akkor alakul ki, ha a szervezet védekező reakcióval válaszol olyan táplálékok fogyasztására, amelyek alapvetően nem jelentenek veszélyt a szervezet számára.
Amikor a szervezet táplálékkal találkozik, az immunrendszer működésbe lép, és az elfogyasztott táplálékkal szemben vagy tolerancia, vagy izgalmi állapot alakul ki. A tolerancia teszi lehetővé az emberek többsége számára a különböző táplálékok problémamentes elfogyasztását.
Az immunrendszer aktiválódását kiváltó tápanyagok ismételt fogyasztásakor a szervezetben immunaktiv anyagok (pl. hisztamin, IgE ellenanyagok) szaporodnak fel, amelyek egyaránt hatnak a gyomor-bélrendszer működésére, a bőrre, a légzőrendszerre és a szívműködésre, aminek következményeként allergiás reakció jön létre.